En général, une analyse est compatible avec la LPGC-MS, à condition de ne pas avoir à résoudre des isomères élués proches les uns des autres par une méthode conventionnelle. Les méthodes sur colonne de 30 m peuvent être converties en LPGC-MS, mais les applications nécessitant des colonnes plus longues nécessitent généralement la résolution supplémentaire offerte par la longueur de la colonne.

