Le pouvoir de résolution subit une perte globale avec le kit de colonnes LPGC par rapport à une colonne GC-MS conventionnelle de 0,25 mm x 30 m, mais cette perte de résolution chromatographique est habituellement compensée par le pouvoir de résolution du spectromètre de masse. Toutefois, il est important de suivre attentivement tous les composés isobares pour garantir le maintien de la résolution chromatographique lors de la mise en œuvre de la LPGC-MS.
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